Además de acciones a gran escala como esta, la Comisión ha implementado medidas para fortalecer el sistema de control a largo plazo, por ejemplo, desarrollando el Certificado Electrónico de Inspección en el marco del sistema TRACES que había mejorado 
sustancialmente la trazabilidad. de los productos ecológicos importados de países no pertenecientes a la UE. El nuevo reglamento orgánico, que entrará en vigencia en 2021, junto con el nuevo Reglamento de control oficial, además de introducir el cumplimiento de las normas de la UE para productos importados, también reforzará los controles y mejorará las posibles acciones contra los estafadores. En particular, se reforzarán los poderes de la Comisión para intervenir directamente cuando se detecte una sospecha de fraude.
Cada año, la Comisión realiza una evaluación en profundidad de los organismos de control autorizados para certificar productos. Los mismos organismos de control son sometidos a un programa de auditoría por los servicios de la Comisión.
Durante los últimos años, la Comisión ha emitido directrices sobre las importaciones de ciertas categorías de productos, consideradas como un mayor riesgo de cualquier país productor importante. Estas directrices se centran en una mayor trazabilidad de los productos y un control adicional sobre los operadores a través de inspecciones adicionales a nivel del productor y mediante un muestreo adicional en el control fronterizo.
Además, junto con los Estados miembros, la Comisión realiza un seguimiento periódico de las irregularidades notificadas por los Estados miembros en una herramienta informática específica creada para este fin.
En 2018, la Comisión Europea, junto con Europol, decidió lanzar una acción específica sobre sustancias orgánicas en el marco de la operación OPSON VIII. El objetivo de esta operación era proteger la reputación del logotipo orgánico de la UE y garantizar la confianza que los consumidores europeos tienen con razón en él. Es importante destacar que el fraude orgánico no presenta riesgos para la inocuidad de los alimentos y, si se descubre, los productos que no cumplen con las reglas orgánicas se degradan y se venden como los convencionales.
La acción tuvo como objetivo identificar los puntos vulnerables dentro de la cadena de suministro y se centró en cadenas de suministro internacionales complejas. También investigó las sospechas de fraude, la certificación falsa dirigida, se concentró en alimentos y piensos en cantidades significativas, principalmente importados y destinados a la redistribución bajo la etiqueta orgánica de la UE.
Como resultado de la acción, se iniciaron varios procedimientos administrativos y penales, se incautaron productos, se arrestó a personas y se sancionó a operadores. Las investigaciones aún están en curso y se pueden esperar más resultados en los próximos meses.
La creciente demanda de productos orgánicos en los últimos años, así como una proporción cada vez mayor de la producción orgánica y la venta minorista en la UE crean riesgos y desafíos cada vez mayores para la integridad de la cadena de suministro de alimentos orgánicos.
